Tables

The module contains static lookup tables for atom typing etc.

The tables are dictionaries that are indexed by elements.

maicos.lib.tables.CM_parameters = {'Al': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Ar': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'B': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Be': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Br': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'C': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Ca': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Cl': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'F': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'H': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'He': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'I': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'K': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Kr': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Li': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Mg': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'N': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Na': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Ne': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'O': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'P': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Rb': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'S': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Se': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Si': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>, 'Xe': <maicos.lib.tables.CM_parameter object>}

Cromer-Mann X-ray scattering factors computed from numerical Hartree-Fock wave functions. See Acta Cryst. A 24 (1968) p. 321

maicos.lib.tables.atomtypes = {'AR': 'Ar', 'BR': 'Br', 'Br': 'Br', 'C': 'C', 'C*': 'C', 'C0': 'Ca', 'CA': 'C', 'CA2+': 'Ca', 'CB': 'C', 'CC': 'C', 'CCHL': 'C', 'CG2R51': 'C', 'CG2R53': 'C', 'CG2R61': 'C', 'CG311': 'C', 'CG321': 'C', 'CG324': 'C', 'CG331': 'C', 'CG334': 'C', 'CG3C51': 'C', 'CG3C52': 'C', 'CG3RC1': 'C', 'CH0': 'C', 'CH1': 'CH1', 'CH2': 'CH2', 'CH2r': 'CH2', 'CH3': 'CH3', 'CH4': 'CH4', 'CK': 'C', 'CL': 'Cl', 'CL-': 'Cl', 'CLA': 'C', 'CM': 'C', 'CMET': 'CH3', 'CN': 'C', 'CQ': 'C', 'CR': 'C', 'CR1': 'CH1', 'CT': 'C', 'CU': 'Cu', 'CU1+': 'Cu', 'CU2+': 'Cu', 'CV': 'C', 'CW': 'C', 'Cl': 'Cl', 'Cs': 'CS', 'DUM': 'DUM', 'F': 'Fe', 'FE': 'Fe', 'H': 'H', 'H1': 'H', 'H2': 'H', 'H3': 'H', 'H4': 'H', 'H5': 'H', 'HA': 'H', 'HC': 'H', 'HGA1': 'H', 'HGA2': 'H', 'HGA3': 'H', 'HGP1': 'H', 'HGR52': 'H', 'HGR53': 'H', 'HGR61': 'H', 'HO': 'H', 'HP': 'H', 'HS': 'H', 'HT': 'H', 'HW': 'H', 'HW_spc': 'H', 'HW_tip4p': 'H', 'HW_tip4pew': 'H', 'HW_tip5p': 'H', 'I': 'I', 'IB': 'Na', 'K': 'K', 'Li': 'Li', 'MCH3': 'DUM', 'MG': 'Mg', 'MG2+': 'Mg', 'MNH3': 'DUM', 'MW': 'DUM', 'N': 'N', 'N*': 'N', 'N2': 'N', 'N3': 'N', 'NA': 'N', 'NA+': 'Na', 'NB': 'N', 'NC': 'N', 'NE': 'NH', 'NG2R52': 'N', 'NL': 'NH3', 'NR': 'N', 'NT': 'NH2', 'NZ': 'NH2', 'Na': 'Na', 'O': 'O', 'O2': 'O', 'OA': 'O', 'OE': 'O', 'OG311': 'O', 'OH': 'O', 'OM': 'O', 'OMET': 'O', 'OS': 'O', 'OT': 'O', 'OW': 'O', 'OW_spc': 'O', 'OW_tip4p': 'O', 'OW_tip4p2005': 'O', 'OW_tip4pew': 'O', 'OW_tip5p': 'O', 'P': 'P', 'Rb': 'Rb', 'S': 'S', 'SH': 'Si', 'VW': 'DUM', 'ZN2+': 'Zn', 'Zn': 'Zn'}

Translation of MDAnalysis.AtomGroup.types to chemical elements.